Freddy Numberi memulai pendidikan militernya di AKABRI pada 1968, kemudian melanjutkan ke Akademi Angkatan Laut (AAL) Surabaya dan lulus pada 1969.

Pada Desember 1971, Freddy Numberi dipercaya untuk menjadi Komandan KRI Sembilan yang bertugas di wilayah timur Indonesia.

Selama kariernya, Freddy Numberi juga memimpin Satuan Tugas Proyek Pengadaan Kapal Parchim, Frosch, dan Kondor antara 1995 hingga 1996.

Freddy Numberi sempat menjabat sebagai Komandan Pangkalan Utama TNI AL V yang mencakup wilayah Irian Jaya dan Maluku.

Usai pensiun dari TNI AL dan kemiliterannya, Freddy Numberi beralih ke dunia politik dan menduduki berbagai posisi penting.

Dirinya dipercaya menjadi Gubernur Papua pada tahun 1998, seperti yang tercatat di laman Pemprov Papua.

Freddy Numberi juga menjabat sebagai Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara dalam Kabinet Persatuan Nasional pada periode 1999-2001, di bawah Presiden Abdurrahman Wahid.

Pada masa pemerintahan Presiden Megawati Soekarnoputri, Freddy Numberi diangkat menjadi Duta Besar Indonesia untuk Italia dan Malta.

Kemudian, Freddy Numberi pernah menjabat sebagai Menteri Kelautan dan Perikanan di era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, memimpin kementerian tersebut dari 2004 hingga 2009.

Masih di bawah kepemimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, Freddy Numberi menduduki posisi Menteri Perhubungan dari 2009 hingga 2011, menggantikan Jusman Syafii Djamal.

Pada Oktober 2011, Freddy Numberi digantikan oleh E.E. Mangindaan setelah dilakukan reshuffle kabinet.

Freddy Numberi terakhir kali melaporkan kekayaan pribadinya melalui Laporan Harta Kekayaan Penyelenggara Negara (LHKPN) pada tahun 2010.